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Clusterphysik

Clusterphysik 1 (7.7 MB)

Clusterphysik 1

1. Einleitung
2. Einführung in die Quantenchemie
3. Clusterquellen
4. Massenselektierte Cluster

GAMESS Home page

Vorlesung Clusterphysik

Das Quantenchemie Softwarepaket GAMESS inklusive des Grafikprogrammes wxmacmolplt ist auf dem Ubuntu Cluster des PHYSNET installiert. Sie können sich auch selbst eine Version installieren. Dazu müssen Sie sich auf der GAMESS Homepage eine Lizenz holen. GAMESS ist für Windows, MAC OS und als Quellcode verfügbar.

Um die Version am PHYSNET zu nutzen müssen sie die folgenden Schritte vornehmen.

1. Den Suchpfad so erweitern, daß sie den Code nutzen können.
2. GAMESS benötigt ein Verzeichnis, in dem temporäre Dateien gespeichert werden können.

Für diese beiden Schritte sind die folgenden Kommandos notwendig:

export PATH=$PATH:~mmartins/gamess/gamess/
mkdir /tmp/$USER
mkdir ~/scr

Dabei müssen die letzten beiden Kommandos nur einmal durchgeführt werden. Das erste "export" Kommando muß in jeder Konsole neu eingegeben werden. Dies können Sie automatisch machen, indem Sie diese Zeile an die Datei ~/.bashrc anhängen (z.B. wieder mit gedit).

Das Programm wxmacmolplt dient dazu Eingabedateien für das Paket GAMESS zu erzeugen. Wichtig ist es, das hiermit insbesondere die Startgeometrie für Moleküle festgelegt werden kann.
Die Eingabefiles werden dann in einem Verzeichnis ihrer Wahl als name.inp abgespeichert. Eine typische Eingabedatei hat die folgende Form:

$CONTRL SCFTYP=UHF RUNTYP=OPTIMIZE MAXIT=30 MULT=1 $END
$SYSTEM TIMLIM=525600 MEMORY=1000000 $END
$BASIS GBASIS=N31 NGAUSS=6 $END
$SCF DIRSCF=.TRUE. $END
$STATPT OPTTOL=0.0001 NSTEP=20 $END
$DATA
Title
C1
C 6.0 -0.93531 0.00000 -0.00000
O 8.0 0.12990 0.00000 -0.00000
$END


Das Molekül oder der Cluster wird am Ende zwischen dem $DATA und $END definiert und zwar hier in kartesischen Koordinaten. Zum Editieren der Datei können Sie einen Texteditor, z.B. gedit verwenden.

Die Dokumentation aller möglichen Eingabeparameter ist in dem File input.pdf auf der GAMESS Homepage verfügbar.

Das Skript gms dient dazu die Rechnungen zu starten. Dazu müssen Sie in einer Konsole in das Verzeichnis, in dem das name.inp File gespeichert ist, wechseln. Um die Rechnug zu starten müssen sie das Kommando gms name.inp eingeben.
Die Ergebnisse werden in der Datei name.log gespeichert. Diese kann dann wieder mit wxmacmolplt geladen werden und die Ergebnisse analysiert werden. Im Fall von Problemen mit der Rechnung, z.B. keine Konvergenz oder falsche Eingaben, müssen Sie sich die log-Datei mit einem Editor ansehen und damit den Fehler dann lokalisieren.

Alternativ zu wxmacmolplt gibt es auch das Tool Avogadro.